チーズをステンレス製の網状トレイに並べ、温度12〜14℃、湿度95〜98％を保った室内で９〜12日間熟成させます。
５日目頃からチーズ表面にカビが発生します。また、４〜５日目頃は多量の炭酸ガスが発生するので、熟成室の空気を流動させて、カビの生成に必要な酸素を確保しますが、チーズが乾燥しないよう注意が必要。毎秒20cm程度の風速が良好です。
熟成室は、あらかじめチーズに用いるのと同じカビを噴霧してから使用。他のカビに汚染されるのを防ぐため定期的に洗浄しなければなりません。複数の熟成室を用意するのが良策です。

二次熟成に適した素材で、チーズを包装します。
包材は一定の通気性と防水性を併せ持ち、二次熟成中にチーズの重量減少が５〜７％以上にならず、むらなく熟成する必要があるので、ワックス紙などで包み、さらに紙か木の箱に入れます。
通気性のない素材で包装した場合、熟成の進みすぎによる芯の形成、組織の軟化、苦味などの生じるおそれがあります。

温度８〜10℃程度、湿度約90％の室内で二次熟成させます。
カマンベールチーズの熟成は、カビの生成する酵素の作用で外側から内部へと進行。それに伴ってチーズのpHが高くなり､ 硬い芯が徐々に消えて､包装後約５週間で完熟となり、その後さらに熟成が進むと組織や風味が損なわれます。
食べるまでの日数を考慮して、通常は、二次熟成の期間を２〜３週間程度とし、その後は冷蔵します。

カマンベールチーズの保存性を高めるための殺菌が広く行われています｡
適度に熟成したチーズを金属缶もしくは合成樹脂容器に入れて密封し、温度80〜120℃で殺菌。終了後は冷蔵します。

完成したチーズが好ましい風味や組織であるか、有害な微生物や異物が含まれていないか、包装状態は良好か、所定の項目について検査します。
検査基準に適合しない場合は、工程を見直し、原因を速やかに改善します。